Especificación de la conceptualización
La segunda definición de ontología mencionada anteriormente, "especificación explícita de la conceptualización", proviene de Thomas Gruber. El significado exacto depende de la comprensión de los términos "especificación" y "conceptualización". La especificación explícita de la conceptualización significa que una ontología es una descripción (como una especificación formal de un programa) de los conceptos y relaciones que pueden existir para un agente o una comunidad de agentes. Esta definición es coherente con el uso de ontología como conjunto de definiciones de conceptos, pero es más general.

Ontología que expresa los modelos previstos para la descripción del dominio
Una conceptualización puede definirse como una estructura semántica intensional que codifica conocimiento implícito que restringe la estructura de una parte de un dominio. La ontología es una especificación (parcial) de esta estructura; es decir, normalmente es una teoría lógica que expresa la conceptualización explícitamente en algún lenguaje. La conceptualización es independiente del lenguaje, mientras que la ontología es dependiente del lenguaje. El uso puede ilustrarse en la figura siguiente: muestra cómo una ontología restringe (es decir, define) el posible uso de los constructos utilizados en la descripción del dominio. Obsérvese que la ontología no tiene por qué expresar todas las posibles restricciones; el nivel de detalle de la conceptualización depende de los requisitos de la aplicación prevista y la expresión de la conceptualización en la ontología depende además del lenguaje de ontología utilizado.
En este sentido, la ontología es importante con el propósito de permitir el intercambio y la reutilización del conocimiento. En este contexto, una ontología es una especificación usada para realizar compromisos ontológicos. En la práctica, un compromiso ontológico es un acuerdo para usar un vocabulario (es decir, hacer consultas y aserciones) de una manera que sea consistente (pero no completa) con respecto a la teoría especificada por una ontología. Los agentes se comprometen entonces con ontologías, y las ontologías se diseñan de manera que el conocimiento pueda compartirse entre esos agentes.
La representación de un cuerpo de conocimiento (base de conocimiento) se basa en la especificación de la conceptualización. Una conceptualización es una visión abstracta y simplificada del mundo que deseamos representar con algún propósito. Toda base de conocimiento, sistema basado en conocimiento o agente está comprometido con alguna conceptualización, explícita o implícitamente. Para estos sistemas, lo que "existe" es aquello que puede representarse. Cuando el conocimiento de un dominio se representa en un formalismo declarativo, el conjunto de objetos que pueden representarse se llama el universo del discurso. Este conjunto de objetos y las relaciones describibles entre ellos se reflejan en el vocabulario representacional con el que un programa basado en conocimiento representa conocimiento. Así, en el contexto de la IA, podemos describir la ontología de un programa definiendo un conjunto de términos representacionales. En una ontología de este tipo, las definiciones asocian los nombres de las entidades del universo del discurso (por ejemplo, clases, relaciones, funciones u otros objetos) con descripciones de lo que significan esos nombres y con axiomas formales que restringen la interpretación y el uso bien formado de esos términos. Formalmente puede decirse que una ontología es un enunciado de una teoría lógica.
La columna vertebral de una ontología es con frecuencia una taxonomía. Una taxonomía es una clasificación de cosas en forma jerárquica. Normalmente es un árbol o una red que expresa la relación de subsunción; es decir, A subsume a B, lo que significa que todo lo que está en A también está en B. Un ejemplo es la clasificación de los organismos vivos. La taxonomía suele restringir el uso previsto de las clases, donde las clases son subconjuntos del conjunto de todos los individuos posibles en el dominio. También puede definirse una taxonomía de propiedades.
Sin embargo, las ontologías no tienen por qué limitarse a jerarquías taxonómicas de clases ni a definiciones que solo introducen terminología y no añaden ningún conocimiento sobre el mundo. Para especificar una conceptualización, también pueden ser necesarios axiomas que restrinjan las posibles interpretaciones de los términos definidos. Desde un punto de vista pragmático, una ontología define el vocabulario con el que las consultas y aserciones son intercambiadas entre agentes. El compromiso ontológico es entonces una garantía de consistencia para las comunicaciones.