Soubor znalostí
Někdy je ontologie definována jako soubor znalostí popisující určitou doménu, typicky doménu běžných znalostí, s použitím reprezentačního slovníku popsaného výše. V tomto případě ontologie není pouze slovník, ale celá "horní" znalostní báze (včetně slovníku, který se používá k popisu této znalostní báze).
Typickým příkladem je projekt CYC, který svou znalostní bázi definuje jako ontologii pro jakýkoli jiný znalostní systém. CYC je název velmi rozsáhlé, multikontextové znalostní báze a inferenčního stroje. CYC představuje raný pokus o symbolickou AI ve velkém měřítku prostřednictvím zachycení obecných znalostí, které jsou potřebné k řešení úloh, jež jsou pro lidi triviální, ale pro počítače velmi obtížné. Veškeré znalosti v CYC jsou deklarativně reprezentovány ve formě logických asercí. CYC obsahuje více než 400 000 významných asercí, mezi něž patří jednoduchá tvrzení o faktech, pravidla určující, jaké závěry vyvodit, jsou-li splněna určitá tvrzení o faktech, a pravidla popisující, jak odvozovat nad určitými typy faktů a pravidel. Nové závěry odvozuje inferenční stroj pomocí deduktivního odvozování. Obecné znalosti CYC lze použít jako základ znalostní báze pro jakýkoli systém náročný na znalosti. V tomto smyslu lze tento soubor znalostí chápat jako ontologii znalostní báze systému.
Obecně řečeno nelze objektivně rozlišit, co má patřit do ontologie a co do znalostní báze. Záleží to na požadavcích zamýšleného použití ontologie. Proto pojetí ontologie v projektu CYC není neslučitelné s Gruberovou definicí, i když může obsahovat fakta, která by někdo klasifikoval jako reprezentaci stavu věcí.